(一)個別型研究計畫，包括計畫主持人研究表現與執行計畫能力、計畫主題之重要性與創新性、研究內容與方法之可行性、預期完成之項目與成果及經費與人力之合理性。

(二)整合型研究計畫，除個別型研究計畫之審查重點外，並包括整合之必要性(總體目標、整體分工合作架構、各子計畫間之相關性及整合程度)、人力配合度(總計畫主持人之協調領導能力、各子計畫主持人之專業能力及合作諧和性)、資源之整合(各子計畫所需各項儀器設備之共用情況及研究經驗與成果交流構想等)、申請機構或其他單位之配合度及整合後之預期綜合效益等。